O sucesso do SeixalJazz Clube fez com que ganhasse um novo espaço na edição de 2001, maior e com uma programação própria e independente. O local perfeito para o público, antes ou depois dos concertos principais de Dave Douglas, Carla Cook e René Marie, Abraham Burton, Mário Delgado e Nuno Ferreira, Mingus Big Band, Sam Rivers, Tom Varner e Freddie Hubbard & The New Jazz Composers.
Em 2000, a novidade foi a criação de um novo espaço dentro do festival: o SeixalJazz Clube, um local de animação e convívio que recebeu música ao vivo com formações jazzísticas nacionais, debates à volta deste estilo e visionamento de vídeos. Pelo palco principal, os concertos continuaram a ser o prato forte do festival: Mark Shim, Paul Motian, Stefon Harris, o trio de Louis Sclavis, Henri Texier e Aldo Romano, Santi Debriano, Mark Whitecage, Maria João e Mário Laginha e Tom Harrell.
O êxito obtido nas duas edições anteriores veio confirmar este projecto como uma aposta ganha. Em 1998, Danilo Perez, Ravi Coltrane, Brad Mehldau, Art Ensemble of Chicago, Chico Freeman e Gary Bartz, John McLaughlin, Tomás Pimentel e Chick Corea foram as oito boas razões que transformaram o Seixal na capital do jazz durante mais de uma semana.
O ano de 1996 marcou o arranque do SeixalJazz como uma consequência lógica da actividade cultural da autarquia. Segundo os críticos, a fasquia foi colocada bem alta com uma programação de luxo que, pela primeira vez, dava oportunidade de ver o mesmo grupo ou formação duas vezes por noite (algo inovador até aí). O Sexteto de Laurent Filipe inaugurou os concertos. Seguiram-se o Quinteto Carlos Barreto, Gateway com John Abercrombie, Dave Holland e Jack DeJohnette, Tim Hagans Audible Architecture, Steve Coleman and Five Elements, The John Scofield Group e Michael Brecker Group.